本所結合產界、官界、學界的合作，配合發展生物科技園區之設立，全力推動中草藥新藥之研發與高級中草藥科技人才之培育。朝向下列之發展方向，以達研究、教學、服務努力之目標，期望達成中草藥生物科技之研究創新與製程改良，以厚實國家長期科技發展之基礎。
未來發展
天然藥物結合藥理學、功能性基因體與蛋白質體學、和生物資訊學等生物技術之應用，發展新一代之天然藥物研究。傳統中藥理論現代化、科學化之研究。中草藥栽植、植物與微生物組織培養、基因轉殖植物應用研究。天然藥物新藥與保健食品之研發，產學應用合作開發。
天然藥物及中藥方劑前臨床與臨床療效之評估。
本所畢業生結合本身專長與訓練，皆能快速進入職場或深造。目前為止，除了原藥學系學生可經藥師考試，擔任藥師相關工作之外，所有畢業生皆可服務於相關食品、健康食品、中草藥、新藥開發、化學化工、生物科技與醫療相關等領域教學、研發、品管、行銷、企畫等工作，學以致用。