本校從創校校長杜聰明博士推動蛇毒、鴉片與中草藥的研究以來，一直是國內研究天然藥物的學術重鎮。為延續與發揚此一優良傳統，並培育國內急需的天然藥物專業研究人才，本校在民國81年成立全國第一所天然藥物研究所，並在90年成立博士班，提供學生最佳的學習與研究環境。
歷任所長
- 吳永昌 教授 民國81～95年
- 張芳榮 教授 民國95～101年
- 吳志中 教授 民國101年～
本校從創校校長杜聰明博士推動蛇毒、鴉片與中草藥的研究以來，一直是國內研究天然藥物的學術重鎮。為延續與發揚此一優良傳統，並培育國內急需的天然藥物專業研究人才，本校在民國81年成立全國第一所天然藥物研究所，並在90年成立博士班，提供學生最佳的學習與研究環境。