學制方面

本所設有碩士班與博士班，為國內歷史最久且學制完整的天然藥物研究所。此外，從民國101年起與世界大學排名前五百大之匈牙利Szeged大學藥學院共同設立雙聯博士學制。

師資方面

本所有數位從事天然藥物教學研究達三、四十年且聲譽卓著的教授，具有優良的教學與研究傳統。

研究方面

結合天然物化學、藥理學、功能性基因體、蛋白質體學、生物訊學、基因轉殖植物等生物技術，發展創新天然藥物研究。本所每年均獲得國科會、衛生署及其它單位研究經費補助超過千萬元，並發表數十篇國際學術期刊論文，研究成果優異。

國際交流

鼓勵學生出國進修和參加國際研討會，並提供國外學生至本所進行短期進修機會。本所教師與國外學者有相當密切之研究合作，並經常邀請國際知名學者進行演講或協同教學。此外，本所定期舉辦天然藥物研討會，增進國內外相關之學術交流。